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Revue des nouvelles générations de séquençage (NGS) et analyse des données associées
Objectifs
Programme
– Faire une revue exhaustive des différentes technologies de
séquençage haut débit, détection de variant, génotypage SNP,
étude du transcriptome
– Initiation à la plateforme GALAXY pour l’analyse de données
de séquençage
NGS, NEXT GENERATION SEQUENCING : ÉVOLUTION DES
TECHNIQUES DE SÉQUENÇAGE, UTILITÉ ET PERSPECTIVES
– NGS seconde génération : Illumina, Roche 454, SOLiD Applied
– NGS troisième génération : Pacific Biosciences
– NGS quatrième génération : Nanopore
ANALYSES BIOINFORMATIQUES
– Structure des gènes et annotation
– Analyse des génomes
– Banques de séquences et moteurs de recherche
(Genbank, EMBL, Swissprot, NCBI, Entrez, SRS)
ANALYSES DE DONNÉES DE SÉQUENÇAGE À PARTIR DE LA
PLATEFORME GALAXY
– Alignement, assemblage et mapping sur un génome de référence
– Détection de SNP/variant
– étude de RNA-seq (transcriptome)
– Exome-seq
Public visé
Cette formation s’adresse à un public initié à la biologie moléculaire et à la génétique : techniciens , ingénieurs et chercheurs.
Prérequis
travailler en laboratoire de biologie moléculaire et être initié en génétique moléculaire
Méthodes pédagogiques
Modalités d'évaluation
QCM, TD et TP.
Informations complémentaires
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