A l'issue de cette formation, vous serez capable de :

• Constituer des jeux de données à analyser à partir de multiples sources
• Manipuler les données pour les transformer à partir de fonctions diverses
• Tracer des courbes et des graphiques avec R
• Appliquer plusieurs algorithmes de calcul d'indicateurs statistiques.

Jour 1 matin

Introduction

• Pourquoi écrire des packages ?
• Présentation des outils essentiels au développeur de packages
• Ecrire et exécuter des scripts

Exemple de travaux pratiques (à titre indicatif)

• Ecriture d'un premier package

R développement

• Arborescence d'un package et présentation de devtools et de RStudio pour le développement de packages
• Metadata d'un package : le fichier DESCRIPTION
• Le code R dans un package
• Gérer le NAMESPACE et les dépendances
• Documenter ses fonctions : les principaux tags disponibles dans le package roxygen2, écrire des exemples
• Le répertoire « inst » et les fichiers externes utilisés par un package
• Inclure des données dans un package et les documenter

Exemple de travaux pratiques (à titre indicatif)

• Ecriture de packages et fonctions avec leur documentation et en gérant les dépendances

Jour 1 après-midi

R tests

• R CMD check : valider la structure et la conformité aux normes du CRAN d'un package
• Utiliser testthat pour écrire des tests unitaires et valider automatiquement le bon fonctionnement des fonctions d'un package
• Utilisation de codecov pour mesurer la couverture du code et écrire plus de tests

Exemple de travaux pratiques (à titre indicatif)

• Ecriture de tests et vérification de la couverture de code, analyse et amélioration des tests et de la couverture de code

Jour 2 matin

R déblocage et optimisation

• Comment débugger une fonction R, utilisation du débogueur dans RStudio
• Identifier les étapes ralentissant un script avec profvis
• Optimiser son code
• Comment éviter d'écrire des boucles for

Exemples de travaux pratiques (à titre indicatif)

• Mise en œuvre du débugger à travers plusieurs exemples
• Implémentation des meilleures pratiques de débogage

Jour 2 après-midi

R migration et gestion de versions

• A quoi sert un gestionnaire de code ?
• Présentation de Github et interface avec RStudio
• Création d'un repo git et premier « commit » de son code pour le sauvegarder
• Principales commandes git : commit, pull, push
• Intégrer des outils d'intégration continue comme Travis-CI pour tester son automatiquement dans un environnement Linux et AppVeyor dans un environnement Windows
• Test de performance

Exemple de travaux pratiques (à titre indicatif)

• Déployer son package sur le CRAN