Revue des nouvelles générations de séquençage (NGS) et analyse des données associées

Faire une revue exhaustive des différentes technologies de
séquençage haut débit, détection de variant, génotypage SNP,
étude du transcriptome
– Initiation à la plateforme GALAXY pour l’analyse de données
de séquençage

NGS, NEXT GENERATION SEQUENCING : ÉVOLUTION DES
TECHNIQUES DE SÉQUENÇAGE, UTILITÉ ET PERSPECTIVES
– NGS seconde génération : Illumina, Roche 454, SOLiD Applied
– NGS troisième génération : Pacific Biosciences
– NGS quatrième génération : Nanopore
ANALYSES BIOINFORMATIQUES
– Structure des gènes et annotation
– Analyse des génomes
– Banques de séquences et moteurs de recherche
(Genbank, EMBL, Swissprot, NCBI, Entrez, SRS)
ANALYSES DE DONNÉES DE SÉQUENÇAGE À PARTIR DE LA
PLATEFORME GALAXY
– Alignement, assemblage et mapping sur un génome de référence
– Détection de SNP/variant
– étude de RNA-seq (transcriptome)
– Exome-seq